بنیاد دکتر حسین سبحانی‌نیا، ساختاری منعطف و مشارکت‌محور دارد که به منظور بهره‌گیری از ظرفیت‌های فکری و تجربی طیف‌های مختلف جامعه طراحی شده است. ارکان اصلی بنیاد به شرح زیر است:

۱. هیأت مؤسس

ترکیبی از چهره‌های دانشگاهی، فرهنگی، اقتصادی و اجتماعی که مسئولیت طراحی اولیه، نظارت عالی و تعیین راهبردهای کلان بنیاد را بر عهده دارند.

۲. هیأت امناء

نهادی راهبردی و نظارتی که متشکل از افراد صاحب‌نظر و مورد اعتماد است و بر عملکرد اجرایی، حسن جریان مالی و تطابق فعالیت‌ها با مأموریت بنیاد نظارت دارد.

۳. مدیرعامل

مسئول اجرایی بنیاد که با حکم هیأت امنا منصوب می‌شود و عهده‌دار اجرای مصوبات، مدیریت برنامه‌ها، ارتباط با نهادها و هدایت تیم‌های کاری است.

۴. دبیرخانه مرکزی

مرکز عملیات اجرایی، مستندسازی، ارتباطات و پشتیبانی برنامه‌ها و جلسات بنیاد.

۵. کمیسیون‌های تخصصی

شامل گروه‌های مشورتی و اجرایی در حوزه‌های:

• عمران و توسعه زیرساخت

• اقتصاد و کارآفرینی

• آموزش و پژوهش

• فرهنگ و رسانه

• اجتماعی و خانواده

• سلامت و بهداشت

• دین و معنویت
  این کمیسیون‌ها با حضور صاحب‌نظران هر حوزه، پیشنهاددهنده طرح‌ها و ناظر بر اجرای آن‌ها هستند.

۶. شبکه همکاران داوطلب

تشکلی از نیروهای جوان، متخصص و داوطلب که در اجرای برنامه‌ها، تحقیقات میدانی، آموزش و مشاوره‌ها بنیاد را همراهی می‌کنند.